تفاوت اصلی این دو نوع ژل در میزان اسیدیته یا PH آنها است.
PH نشانگر این است که یک محیط اسیدی است یا قلیایی. محیط واژن به طور طبیعی اسیدی است و PH آن در سنین مختلف متفاوت است. به طور کلی، PH واژن در سنین باروری کمتر از ۴.۵، در دوران یائسگی بیشتر از ۴.۵ و قبل از بلوغ بالاتر از ۴.۵ است. ژل بهداشتی بانوان و دوشیزگان با توجه به این تفاوت‌ها طراحی شده‌اند.
ژل بهداشتی دوشیزگان PH کمتر و اسیدی‌تری دارد و با فرمولاسیون ملایم و ترکیبات ارگانیک نظیر عصاره‌های گیاهی، مواد نرم کننده و ضد خارش و سوزش تولید می‌شود. ژل بهداشتی بانوان PH بالاتر و تاثیر ملایم‌تری دارد و به رفع خارش، سوزش و از بین بردن باکتری‌های مضر و بوی بد کمک می‌کند. علاوه بر این، با باکتری‌های مفید سازگار است.